كشف ديوان المحاسبة في تقرير سابق له أن عدد الأئمة والوعاظ وخطباء المساجد المسجلين في وزارة الاوقاف والشئون الإسلامية، 27,159 موضحة أنه تم الكشف عن وجود 5,825 حالة ازدواج وظيفي بين الأئمة والوعاظ و الخطباء
وأوضح الديوان في تقرير صدر في 2016، أنه تبين فيما يخص موقف تنفيذ الميزانية للسنة المذكورة بالنسبة لهيئة الأوقاف والشؤون الإسلامية، عدم إعداد الحساب الختامي للهيئة عن السنوات 2012- 2013- 2014 بالمخالفة لنص قانون النظام المالي للدولة.
كما أظهر التقرير عدم اتخاذ أية إجراءات حيال بعض الصكوك المعلقة التي تجاوزت المدة القانونية بالمخالفة للائحة الميزانية والحسابات والمخازن، إضافة إلى وجود بعض المبالغ بحساب الباب الأول بالإضافة والخصم ولا يوجد مقابل لها بالدفاتر لم يتم تسويتها، إلى جانب عدم تسوية بعض العهد المالية عن سنوات 2012- 2013-2014-2015، وذلك بالمخالفة للائحة الميزانية والحسابات والمخازن.
كما كشف التقرير عدم إمساك بطاقات لمرتبات الموظفين وذلك بالمخالفة للائحة الميزانية والحسابات والمخازن، وعدم الحرص على تحصيل الإيرادات فضلا عن عدم إلزام الفروع بتوريد الإيرادات المحصلة بالمخالفة للائحة الميزانية والحسابات والمخازن، إضافة إلى وجود بعض المبالغ المعلقة بمذكرات تسوية حساب المصرف يعود تاريخها لسنوات سابقة دون اتخاذ الإجراءات القانونية حيالها، مما يعد مخالفة لأحكام لائحة الميزانية والحسابات والمخازن.
وبين التقرير وجود بعض الإيداعات في حساب الودائع لا يوجد لها مقابل بالدفاتر (إيداعات غير معلومة المصدر) ولم تقم الهيئة بتسويتها مع المصرف، إلى جانب غياب قيام أغلب مكاتب الأوقاف بإحالة إيرادات الوقف خلال السنة المالية 2016 والسنوات السابقة بالمخالفة للقانون.
وكشف تقرير ديوان المحاسبة أيضا قيام الهيئة باستئجار عدد من الشقق السكنية والفلل لأشخاص تابعين للهيئة دون توفر مخصصات مالية لتسديد بواقي الإيجارات، إضافة إلى وجود بعض الإضافات بحساب الباب الأول حسب مذكرة التسوية ولا مقابل لها بالدفاتر ولم يتم تسويتها مع المصرف من قبل الهيئة، إلى جانب عدم الاهتمام بمتابعة الصكوك المعلقة حيث تبن وجود مبلغ قدره 18812907 د.ل مخصوم من حساب الباب الأول بمصرف الجمهورية الفلاح ولا مقابل له بالدفاتر.
وأوضح التقرير أنه بموجب إذن صرف بمبلغ 2000 د.ل لصالح (س.ع.م) كعهدة مالية لغرض الصرف منها على الإعاشة لمسابقة ليبيا لحفظ القرءان الكريم بمدينة زوارة، حيث تم خصم المبلغ من حساب الباب الأول بالمخالفة، كما أشار إلى وجود عهد مالية مرحلة من السنوات 2013- 2014- 2015 ولم يتم اتخاذ أي إجراءات بشأنها وذلك بالمخالفة للائحة الميزانية والحسابات والمخازن.
ولفت التقرير إلى التأخير في تسوية بعض السلف المصروفة على حساب علاوة السفر والمبيت المصروفة خلال السنوات المالية من 2013 وحتى 30/9 2016 والبالغ قيمتها 63912 دينار الأمر الذي يعد مخالفة للائحة علاوة السفر والمبيت، كما بلغ رصيد حساب الودائع والأمانات حتى 30/9/2016 مبلغ 14477204 د.ل وتبين وجود صكوك معلقة منذ 2014 ولم تصرف حتى تاريخه، بالإضافة إلى وجود مبالغ مخصصة للتدريب منذ سنة 2014 وإيداعات بالحساب غير معلومة المصدر، فيما بلغ إجمالي الالتزامات القائمة على الهيئة للبابين الأول والثاني من عدة سنوات مبلغ 38488819 د.ل.
